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2024-11-23 02:47
1.vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
2.å¦ä½å¨Ubuntuä¸å®è£
lammpsåï¼
3.LAMMPSLAMMPS编译安装
4.Windows用Visual Studio 2022编译支持CUDA12的源码gromacs 2024.2教程
5.GROMACS安装
6.RASPA教程之安装编译
vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
本文主要介绍了在CPU和GPU上安装VASP 6.3.0的详细步骤，包括使用spack管理和源码包的源码部署。首先，源码从百度网盘下载合适的源码源码包，建议将其放置在公共目录或用户的源码家目录，然后通过tar命令解压。源码云端爆点源码
接下来，源码配置环境变量，源码确保Python3和必要的源码工具如git、patch已安装，源码同时添加基础编译器如gcc和gfortran。源码运行spack --version检查spack版本并配置编译器。源码在~/.spack目录下，源码创建config.yaml和modules.yaml文件，源码自定义软件安装位置、源码目录规范和加速编译设置，如禁用SSL验证和校验。
在spack中添加本地源码包仓库，并配置bootstrap库以提高离线可用性。然后，查看spack收录的软件列表，根据机器类型（AMD和Intel）选择合适的依赖包，如MPI、himall 2.4 源码文档数学库和FFTW等。对于AMD机器，推荐使用GNU库和mpich，而Intel机器则使用Intel SDK和nvhpc（仅GPU）。
针对不同的Vasp版本（如5.4.4和6.3.0），需要编辑makefile.include文件进行特定配置，如修改编译选项和库路径。最后，创建环境变量脚本（如vasp.sh），以简化后续使用。对于GPU机器，还要注意声明qd库以避免运行时错误。
此外，文章还提及了beef插件的编译和安装，以及phonopy和VASPkit的安装步骤，但需要注意的是，有些功能可能因版本兼容性问题而未进行详细测试。
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以ä¸éè¦rootæéã
-å®è£ fftw
ãã1ä¸è½½æºç å fftw-2.1.5.tar.gzï¼è§£å tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
ãã2 cd fftw-2.1.5.
ãã3 ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw-gnu --enable-float
ããå ¶å®é项:
ãã4 make
ãã5 make install
ããäºå®è£ mpich
ãã1ä¸è½½mpich.tar.gz
ãã2 cd mpich-1.2.7
**ãã3 ./configure --prefix=/opt/mpich-gnu
ãã4 make
ãã5 make install
ããä¸ãç¼è¾/etc/hosts.equivæ件ï¼å¨å ¶ä¸å å ¥æ¬æºä¸»æºåï¼ç¨hostnameå¯ä»¥å¾å°ï¼ï¼åç¬ä¸è¡ï¼
ããåä¸æ¥é½å¨rootä¸è¿è¡ã
ããä¸é¢çæ¥éª¤é½å¨èªå·±çç¨æ·ä¸è¿è¡
ããåãå®è£ lammps
ãã1 tar xvzf lammps.tar.gz
ãã2 cd lammps
**ãã3 cd src
ãã4 vim MAKE/Makefile.g++
ããä¿®æ¹mpichçå®è£ è·¯å¾
ããä¿®æ¹fftwçå®è£ è·¯å¾
ããï¼æ¯ä¸ªé½æ两å¤ï¼includeåé¢ålibåé¢çé¨åï¼
ãã# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTW
ããSHELL = /bin/sh
ãã# System-specific settings
ããCC = g++
ããCCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -
ããDMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw-gnu/include -I/opt/mpich-
ããgnu/include
ããDEPFLAGS = -M
ããLINK = g++ -L/opt/mathlib/fftw-gnu/lib -L/opt/mpich-
ããgnu/lib
ããLINKFLAGS = -g -O
ããUSRLIB = -lfftw -lmpich
ããSYSLIB = -lpthread
ããARCHIVE = ar
ããARFLAGS = -rc
ããSIZE = size
ãã# Link target
ãã$(EXE): $(OBJ)
ãã$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)
ãã$(SIZE) $(EXE)
ãã# Library target
ããlib: $(OBJ)
ãã$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
ãã# Compilation rules
ãã%.o:%.cpp
ãã$(CC) $(CCFLAGS) -c $<
ãã%.d:%.cpp
ãã$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $@
ãã# Individual dependencies
ããDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
ããinclude $(DEPENDS)
ãã5 make g++ (å¨srcç®å½ä¸)
ããçælmp_g++
ããåãè¿è¡lammps
ãã1 cd ../bench
ãã2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np ../src/lmp_g++ <in.chain
LAMMPSLAMMPS编译安装
本文详细描述了在Linux环境下使用LAMMPS进行安装和编译的步骤。LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。
首先，切换到根目录并以root权限执行以下步骤：
1. 使用sudo命令以root权限登录。mac 查看源码工具
2. 下载并解压fftw源码包。
3. 进入解压后的目录，配置并安装fftw。
4. 进行mpich的下载、配置、安装。
5. 编辑/etc/hosts.equiv文件，加入本机主机名。
以上步骤均需在root权限下操作。
随后，在自己的用户目录中执行以下步骤：
1. 下载并解压LAMMPS源码包。
2. 进入LAMMPS的源码目录。
3. 编辑MAKE/Makefile.g++文件，修改mpich和fftw的安装路径。
4. 在src目录下执行make g++命令，生成lmp_g++。
5. 进入bench目录，使用mpirun命令运行LAMMPS。
注意：上述步骤中，所有路径需替换为实际安装目录。
完成上述步骤后，LAMMPS已成功安装并可进行模拟运行。spring源码深度分析这一过程详细展示了LAMMPS的安装流程，并且提供了实际操作中可能遇到的配置细节，有助于用户顺利进行分子动力学模拟。
Windows用Visual Studio 编译支持CUDA的gromacs .2教程
为了在 Windows 上使用 Visual Studio 编译 Gromacs .2 版本支持 CUDA，您需要遵循以下步骤。
首先，安装 Visual Studio ，无论是企业版、专业版还是社区版均可，确保在安装时选择使用 C++ 的桌面开发组件。
其次，下载并安装 CUDA ，从官方 CUDA Toolkit Archive 获取。
接着，下载并安装 FFTW3.3.，从 fftw.org 下载相应的库。
打开命令提示符，解压 FFTW3.3. 的源码，并在目录中建立 build 文件夹。
进入 build 文件夹，然后在命令提示符中执行编译安装命令。
修改 CUDA 头文件中的ubuntu tftp源码下载 host_config.h，定位到大约第 行，将版本号从 改为 ，确保编译过程顺利。
下载 Gromacs .2 的编译源码，从提供的链接获取。
下载完成后，解压缩源码，进入 build 目录，执行 cmake 命令进行配置。
在 cmake 配置时，选择合适的 GMX_CUDA_TARGET_SM 参数，根据您的显卡选择 sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_ 中的一个，我以 sm_ 为例，即 -DGMX_CUDA_TARGET_SM=。
编译时可能会遇到错误，如 nvcc fatal 错误或 CMake 错误。解决这类问题需要耐心，确保按照配置正确地执行编译过程。
如果需要比较修改的代码，可以使用 Beyond_Compare 工具进行代码对比，下载地址为提供的链接。
GROMACS安装
GROMACS是广泛应用于模拟生物分子性质的分子动力学软件，具有运算速度快、开源免费、力场丰富、功能强大等优势。软件基于C/C++编写，代码量庞大，支持单精和双精模式，单精模式因运算速度快而更受欢迎。GROMACS的工作流程包括前处理、模拟和后处理三个阶段。
安装GROMACS时，推荐使用镜像安装，源码安装较为复杂。若选择源码安装，需注意编译器推荐使用gcc，并确保版本为最新，以获得最佳性能，最低要求为C++支持。不建议使用PGI编译器。GROMACS支持多种并行模式，但需注意组合使用时的性能差异。若进行跨节点计算，需安装MPI软件，但单节点运行时无需安装。
数学库方面，建议使用FFTW（版本3及以上）或Intel MKL库，以支持快速傅立叶变换。可使用cmake参数设置库选择，并考虑CUDA加速。若使用CUDA，需确保与GROMACS兼容，并添加CUDA路径。FFTW通常提供更好的性能。
NVIDIA提供优化的GROMACS安装镜像，用户可在NGC网站注册后下载使用。下载镜像后，可从GROMACS官网下载基准测试案例，并按照指示进行配置和测试。此方法简化了安装和测试流程。
RASPA教程之安装编译
RASPA，由西北大学Snurr组开发的多用途计算软件，适用于气体、液体、分子筛、硅铝酸盐、金属有机骨架材料的分子动力学（MD）及蒙特卡洛模拟（MC），尤其擅长高通量气体吸附计算。
编译及安装RASPA需先确保C编译器安装，推荐gcc或icc。fftw、blas、lapack为可选组件，但建议一并安装以优化性能。通过GitHub等平台下载RASPA的最新源代码。
安装前，需在${ HOME}/.bashrc文件中设置RASPA_dir环境变量，指定RASPA的安装位置。完成配置后，进入RASPA源代码目录，执行编译指令。
运行RASPA时，需要准备两个文件：run文件与input文件，后者必须命名为simulation.input，内含模拟所需参数。这两个文件应放置于同一目录。在终端输入bash run命令启动模拟。
模拟生成的数据保存于../Output/System_0/output_Box_1.1.1_._0.data路径下。可通过文本方式打开数据文件。在高通量计算中，使用编程工具批量读取数据，实现高效数据分析。
GROMACSGROMACS安装流程
本文详细介绍了GROMACS的安装流程，包括解压缩源码包、编译特定组件以及设置环境变量等步骤。以下是安装GROMACS的详细步骤： 1. 解压缩fftw，lam-mpi和gromacs源码包： 解压缩fftw源码包：使用命令`tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz`执行解压操作。 解压缩gromacs源码包：使用命令`tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz`进行解压。 解压缩lam-mpi源码包：使用命令`tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz`完成解压。 2. 编译lam-mpi： 切换到lam-7.1.3目录：使用`cd lam-7.1.3`进行切换。 配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"`，注意可以省去`--without-fc`以编译mpif。 编译和安装：运行`make`进行编译，随后使用`make install`进行安装。 3. 设置MPI环境变量： 添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。 4. 编译fftw的单双精度版本： 切换到fftw-3.1.2目录：使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。 配置编译选项：执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。 编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。 编译fftw的单精度版本：执行`./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。 5. 设置fftw环境变量： 设置编译器参数：执行`export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include`和`export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib`。 6. 编译gromacs： 切换到gromacs-3.3.1目录：使用`cd gromacs-3.3.1`进行切换。 配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi`进行配置。 编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。 7. 设置gromacs环境变量： 添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin`。 8. 附加步骤：编译gromacs源包中的其他文件（可选）：执行`make contrib`进行编译。 更新：对于gromacs-4.0、fftw-3.2.1和lam7.1.4，安装流程与上述方法完全相同，只需更换相应的目录即可。扩展资料
GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.[1]å¦ä½å¨MacBookä¸å®è£ gromacs
MacBookä¸gromacså®è£ æµç¨ï¼
(1) 解å缩fftwï¼lam-mpiï¼gromacsæºç
tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
tar âzxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz
(2) ç¼è¯lam-mpi
cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"
make
make install
注ï¼--without-fcæ¯ä¸ç¼è¯mpifï¼å¯ä»¥å»æ
(3) æ·»å mpiç¯å¢åé
export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)
(4) ç¼è¯fftwåå精度ç
cd fftw-3.1.2
./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
make
make install
make distclean
./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
(3) 设置fftwç¯å¢åé
export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include
export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib
(4) ç¼è¯gromacs
cd gromacs-3.3.1
./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi
make
make install
make distclean
./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float
(5) 设置gromacsç¯å¢åé
export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)
(6) ç¼è¯gromacsæºå éçå ¶å®æ件ï¼å¯éï¼
make contrib
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2024-11-23 02:02
2024-11-23 01:17
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