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1.生信爱好者周刊(第 47 期):RStudio 改名 Posit
2.eval(function(p,a,c,k,e,r) 解密
3.谁可以告诉我建筑施工给水排水的书在那可以买

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生信爱好者周刊(第 47 期):RStudio 改名 Posit

       祝各位读者国庆假期快乐,我们下期将延期一周准备和发布。

       本周话题:RStudio 改名 Posit

        RStudio 宣布改名为 Posit,以拓展其在数据科学领域的应用范围,其核心产品 RStudio 编辑器保持不变。RStudio 从改名中可以推测其在数据科学领域的CPS源码系统雄心壮志,其产品如 Quarto 承载着将 RMarkdown 的成功推广到多种编程语言的愿景。我们期待 Posit 公司在未来为 R 社区带来更多的进步,包括软件生态、编程范式、计算性能。

       生信研究

        1、Science | 人类细胞图谱

        人类细胞图谱合作组发表了四篇人类多组织单细胞图谱的鹿鼎记 源码研究,由 Science 杂志封面展示。北京大学张泽民教授对此进行了评述,并发表了一篇观点文章:Mapping cell types across human tissues。这些论文提供了迄今为止最全面、最多组织的细胞图谱,涵盖了人类个器官的超过一百万个单细胞数据。

       2、iScience | 首个细胞级组装的人体集成细胞图谱hECA

        张学工研究团队开发了一个统一的信息学框架,用于细胞中心数据无缝组装,并从分散的数据中构建了首个细胞级组装的人体集成细胞图谱(hECA)。hECA 包含了来自个已发表数据集的1,,个已标记的人类细胞,涵盖了个器官和个系统。fqrouter源码新概念“细胞级组装”指的是对不同来源的人体单细胞数据经过统一质控和预处理后,按照统一信息框架集成到同一个数据集合体中,保存了每个细胞的所有信息。

       3、Nature Genetics | 多维空间组学研究揭示:肿瘤微环境结构可作为乳腺癌临床预后的有效指征

        剑桥大学的研究团队使用成像质谱流式技术(Imaging Mass Cytometry, IMC)结合基因组、临床数据进行了多维空间分析,揭示了乳腺肿瘤中TME结构分布及其与基因组特征和临床结果的关系。该研究系统绘制了TME的原位结构,并确定了个具有不同富集模式的复发性TME结构,其中一些与指示免疫逃逸的基因组谱相关。该研究揭示的多细胞结构结合保守的空间组织与局部TME功能,可以用于改善患者分层。parseColor源码

       4、Cancer Research | 发文揭示不同癌症类型TMB与免疫治疗反应关联的免疫决定因素

        美国国立卫生研究院(NIH)国家癌症研究所的研究团队检测了TCGA中个具有不同癌症类型TME特征的免疫相关因子水平,并将其与2,名接受ICI治疗(抗PD-1/抗PD-L1)患者的TMB和反应数据相结合。在种不同癌症类型中确定了决定TMB效力的关键免疫因子。结果显示,TME中高水平的M1巨噬细胞和低静息的树突状细胞表征了具有高TMB效力的癌症类型。此外,基于这两种免疫因子的模型也准确预测了特定癌症类型中的TMB影响。

       博文资讯

        5、基因测序公司Ultima Genomics推出美元全基因组测序

        基因组测序公司 Ultima Genomics 宣布推出新型高通量、低成本基因测序平台,可提供美元的size源码全基因组测序,将当前美元的全基因组测序价格降低了一个数量级。Ultima Genomics 的测序平台成果已发表在预印本平台 bioRxiv 和基因组生物学技术进展大会(AGBT)上。

       6、epistack 优雅的可视化你的基因区域

        epistack 包旨在整合并可视化基因组印记(如 ChIP-seq、ATAC-seq、DNA 甲基化或基因组保守数据),以感兴趣的基因组区域为中心。

       7、节省夏令时?(英文)

        本文以数据可视化探索世界各地和美国城市的夏令时。对于可视化感兴趣的读者可以学习优化源代码。

       8、Python已可在浏览器端运行,或将成为前后端通吃语言?

        Anaconda 发布的 PyScript 开发框架允许在标准 HTML 中嵌入 Python 代码,使用 Python 调用 JavaScript 函数库,并创建 Python Web 应用。PyScript 处于 alpha 测试阶段。

       工具

        9、演讲展示工具 | Marp & DeckDeckGo

        Marp 是基于 Markdown 的演讲展示制作工具,而 DeckDeckGo 是一个 web 端的编辑工具。

       、toastui - 交互式数据展示

        toastui 包可创建交互式表格、日历和图表。

       、susieR

        susieR 实现了一种在多元回归中进行变量选择的新方法,适用于 X 变量高度相关、真实效果高度稀疏的设置,如基因精细制图应用程序。

       、pkgverse - 像tidyverse一样构建自己的R包集

        pkgverse 提供了构建自定义 R 包集的方法,类似于 tidyverse。

       、Warp

        Warp 是一款基于 Rust 的 GPU 加速终端,提供快速的工作效率,仅支持 MacOS。

       、quarto - 支持多种语言的可执行 markdown 工具

        Quarto 是一个基于 Pandoc 的开源科技出版系统,支持多种软件,包括 RStudio、Jupyter、Text Editor 等。

       资源

        、Smart - 免费医学图像集合

        Smart 提供了一个免费的医学图像集合。

       、哈佛大学的生物信息学培训

        哈佛大学提供了生物信息学培训课程,包括 Shell、R、Python 的基础使用,以及 RNAseq、sc-RNAseq、ChIPseq 的高级分析。

       历史上的本周贡献者(GitHub ID)

        「Openbiox 生信周刊」运维小队:

        该团队维护了这个每周日发布的订阅周刊,同步更新在微信公众号「优雅R」上。关注微信公众号「优雅R」或扫描二维码即可订阅。

eval(function(p,a,c,k,e,r) 解密

       直接使用在线解密工具,已测试可以解密此文件

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谁可以告诉我建筑施工给水排水的书在那可以买

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