1.gdb命令中attach使用
2.GSDS基因结构图的绘制
3.info hash 码如何下载
4.make有哪些用法？
5.拷贝数变异CNV的生物信息学分析（二）
gdb命令中attach使用
我们先看看我们的测试程序:
/* in eg1.c */
int wib(int no1, int no2)
{
int result, diff;
diff = no1 - no2;
result = no1 / diff;
return result;
}
int main()
{
pid_t pid;
pid = fork();
if (pid <0) {
printf("fork err\n");
exit(-1);
} else if (pid == 0) {
/* in child process */
sleep(); ------------------ (!)
int value = ;
int div = 6;
int total = 0;
int i = 0;
int result = 0;
for (i = 0; i < ; i++) {
result = wib(value, div);
total += result;
div++
value--;
}
printf("%d wibed by %d equals %d\n" value, div, total);
exit(0);
} else {
/* in parent process */
sleep(4);
wait(-1);
exit(0);
}
}
该测试程序中子进程运行过程中会在wib函数中出现一个‘除0‘异常。现在我们就要调试该子进程。
[调试原理]
不知道大家发现没有，在(!)处在我们的测试程序在父进程fork后，子进程调用sleep睡了秒。这就是小白授权平台源码关键，这个sleep本来是不该存在于子进程代码中的，而是而了使用GDB调试后加入的，它是我们调试的一个关键点。为什么要让子进程刚刚运行就开始sleep呢？因为我们要在子进程睡眠期间，利用 shell命令获取其process id，然后再利用gdb调试外部进程的方法attach到该process id上，调试该进程。
[调试过程]
我觉上面的调试原理的思路已经很清晰了，剩下的就是如何操作的问题了。我们来实践一次吧！
我所使用的环境是Solaris OS 9.0/GCC 3.2/GDB 6.1。
GDB 调试程序的前提条件就是你编译程序时必须加入调试符号信息，即使用‘-g‘编译选项。首先编译我们的源程序‘gcc -g -o eg1 eg1.c‘。编译好之后，我们就有了我们的调试目标eg1。由于我们在调试过程中需要多个工具配合，所以你最好多打开几个终端窗口，另外一点需要注意的是最好在eg1的working directory下执行gdb程序，否则gdb回提示‘No symbol table is loaded‘。你还得手工load symbol table。好了，下面我们就‘按部就班‘的开始调试我们的eg1。
执行eg1:
eg1 & --- 让eg1后台运行吧。
查找进程id:
ps -fu YOUR_USER_NAME
运行gdb:
gdb
(gdb)attach xxxxx--- xxxxx为利用ps命令获得的子进程process id
(gdb)stop--- 这点很重要，你需要先暂停那个子进程，源码编译debian然后设置一些断点和一些Watch
(gdb)break-- 在result = wib(value, div);这行设置一个断点,可以使用list命令察看源代码
Breakpoint 1 at 0x: file eg1.c, line .
(gdb)continue
Continuing.
Breakpoint 1, main () at eg1.c:
result = wib(value, div);
(gdb)step
wib (no1=, no2=6) at eg1.c:
diff = no1 - no2;
(gdb)continue
Continuing.
Breakpoint 1, main () at eg1.c:
result = wib(value, div);
(gdb)step
wib (no1=9, no2=7) at eg1.c:
diff = no1 - no2;
(gdb)continue
Continuing.
Breakpoint 1, main () at eg1.c:
result = wib(value, div);
(gdb)step
wib (no1=8, no2=8) at eg1.c:
diff = no1 - no2;
(gdb)next
result = no1 / diff;
(gdb)print diff
$6 = 0 ------- 除数为0，我们找到罪魁祸首了。
(gdb)next
Program received signal SIGFPE, Arithmetic exception.
0xffd in .div () from /usr/lib/libc.so.1
至此，我们调试完毕。
gdb命令中attach使用
GSDS基因结构图的绘制
GSDS 2.0,一款强大的基因结构可视化工具，让你的基因标注和图表生成如虎添翼。它的设计巧妙地整合了多种数据格式，包括BED、GTF/GFF3、GenBank Accession Number/GI和FASTA，满足不同研究需求。亮点功能如下： 直观展示: GSDS将外显子/CDS的精确坐标呈现，同时揭示了保守元件和结合位点等重要信息，帮助你深入理解基因功能。 统一格式转换: 无论你的原始数据是何种格式，GSDS都能无缝转换为统一的图形生成格式，让数据处理变得更加便捷。 个性化定制: 用户可以自由调整特征显示，轻松导出高质量的SVG、PNG或PDF图，甚至利用SVG-edit进行后期编辑，细节把控无遗漏。 在数据输入方面，BED格式支持如geneID/transcriptID、起始和结束位置，以及可选的相位信息。GTF/GFF3格式则需提供geneID/transcriptID，其他字段则可根据需要自选。 对于GenBank Accession Number/GI，GSDS能帮您提取和整合CDS信息，而FASTA则支持CDS序列输入，软件源码开源并与基因组进行精确映射，挖掘序列背后的生物学含义。 使用GSDS时，只需准备所需的格式化数据，剩下的工作就交给这款强大的工具去处理。对于那些寻求深度定制体验的用户，GSDS提供了本地安装源代码（gsds_v2.tar.gz）的选项，让你拥有更灵活的使用环境。 安装准备: GSDS 2.0的安装需要具备Apache2、Perl 5.8+、SVG、Bio-Phylo、Bedtools、EMBOSS（est2genome、seqretsplit）以及LibRSVG等软件环境。具体步骤包括解压文件、设置权限，并将bedtools和rsvg-convert链接到系统路径。 例如，你可以执行以下命令将bedtools和rsvg-convert添加到系统路径：ln -s -fbedtools
ln -s -frsvg-convert
在讨论非编码区域时，我们不能忽视UTR（Untranslated Regions）。在成熟mRNA中，它位于编码区域（CDS）上游，常常携带着调控基因表达的关键元件。在原核生物中，5'UTR内含 Shine-Dalgarno序列（AGGAGGU），而在真核生物中，5'UTR的平均长度约为nt，极端情况下可达数千bp，这些细节对于理解基因表达调控至关重要。 总而言之，上门雷源码GSDS 2.0为基因结构分析提供了一站式的解决方案，无论是数据处理还是图形生成，都能满足专业研究人员的高效需求。info hash 码如何下载
最近一直在看TCP数据流的重组，看了两三天，写了个程序试了一下，结果让我大失所望。一运行程序我的硬盘空间就开始变小，很明显，不一会儿的功夫，好几G的空间就没了，但是什么也没重组出来。弄得我头昏脑胀，都快失去信心了。
既然这样了，那就暂时放放吧，等有心情了重头再来。接下来无事可做，无意间看见了曾经捕获的一个TCP包中的BT下载时的信息，在一个HTTP请求的数据里面有个经过URL编码的info_hash字段，感觉以后可能会用到这个东西，但是是原始的值。正好，那就研究一下，写个解码程序吧！
经过一番研究，发现这个URL编码跟普通的URL编码还是有区别的。
例如：一个经过URL编码的info_hash如下：
m%uC%W%C8%2D%3Bf%DB%BCi%BB%FF%C9%B2J%DD%F4
其原始值为：6DCD3BDBBCBBFFC9BADDF4
经过分析不难发现，凡是%号后面的两位都跟原始值一样，除此之外，其余的nba游戏源码值均为其ASCII码的进制表示，而且只有数字跟字母。这样一来，好像比普通的URL编码要简单的多，呵呵~~
知道了其中的规则，那就开始写代码吧。
在代码中，为了满足在线捕包、在线解码的要求，我就牺牲了一些存储空间，为字母和数字跟它们对应的进制值都做了一个影射，这样的话就不必再把ASCII码转换为进制了，效率虽然提高了，但需要更大的存储空间。
在linux下写了C程序，源代码如下：
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
const char char0_9[][2] = {
{ '3','0'},{ '3','1'},{ '3','2'},{ '3','3'},{ '3','4'},
{ '3','5'},{ '3','6'},{ '3','7'},{ '3','8'},{ '3','9'}
};
const char charA_Z[][2] = {
{ '4','1'},{ '4','2'},{ '4','3'},{ '4','4'},{ '4','5'},
{ '4','6'},{ '4','7'},{ '4','8'},{ '4','9'},{ '4','A'},
{ '4','B'},{ '4','C'},{ '4','D'},{ '4','E'},{ '4','F'},
{ '5','0'},{ '5','1'},{ '5','2'},{ '5','3'},{ '5','4'},
{ '5','5'},{ '5','6'},{ '5','7'},{ '5','8'},{ '5','9'},{ '5','A'}
};
const char chara_z[][2] = {
{ '6','1'},{ '6','2'},{ '6','3'},{ '6','4'},{ '6','5'},
{ '6','6'},{ '6','7'},{ '6','8'},{ '6','9'},{ '6','A'},
{ '6','B'},{ '6','C'},{ '6','D'},{ '6','E'},{ '6','F'},
{ '7','0'},{ '7','1'},{ '7','2'},{ '7','3'},{ '7','4'},
{ '7','5'},{ '7','6'},{ '7','7'},{ '7','8'},{ '7','9'},{ '7','A'}
};
void
de_url(char *url)
{
char *UnURL;
char ch;
int i = 0, j = 0;
int index;
int len = strlen(url);
UnURL = (char *)malloc(*sizeof(char));
if(!UnURL){
printf("UnURL malloc wrong!");
exit(1);
}
memset(UnURL, 0, *sizeof(char));
while(i < len){
ch = *(url+i);
if(ch == '%'){
i++;
for(; j < 2; j++){
strncat(UnURL, &(url[i]), 1);
i++;
}
j = 0;
}else if(ch >= 'a' && ch <= 'z'){
index = ch - 'a';
strncat(UnURL, chara_z[index], 2);
i++;
}else if(ch >= 'A' && ch <= 'Z'){
index = ch - 'A';
strncat(UnURL, charA_Z[index] ,2);
i++;
}else if(ch >= '0' && ch <= '9'){
index = ch - '0';
strncat(UnURL, char0_9[index], 2);
i++;
}else
printf("something else!\n");
}
printf("\n%s\n", UnURL);
}
int
main(int argc, char *argv[])
{
char *URL = "%A8%2F%FCYE%7E%F2Trx%0B%D8ZYF%DC%B9%D3v%F5";
de_url(URL);
return 0;
}
在线分析时，只需要把main函数给替换掉，就可以了。
虽然TCP流的重组还没弄出来，但会再接再厉，继续加油！
make有哪些用法？
1.make up to sb 讨好、巴结某人2.make up for sth in/with 弥补
3.make towards sth 移动，移向
4.make sth of sb/sth 了解、理解
5.make sb/sth into sth 将......制成（变成）
6.make out 听出，看出，辨认出
7.make off 溜掉，匆忙离开
8.make off with sth 抢走，拿走（他人之物）
9.make for sth 朝......走去，朝......前进
.make away with sb/sth 偷窃（某物）
.make the most of 充分利用(同make the best of）
.make use of sth. 利用某物
.make a go of sth 尽力以使某事成功
.make too much of 过分重视
.make a day/night/evening of it 花整天/整夜/整个晚上的时间做某事
.make out a cheque/bill etc 开支票/帐单等
.make sb out to be sth 假称，把......说成
.make out a case (for) 找到充分的理由证明（解释）
.make sb. doing sth. 让某人一直做某事
.make sth. done 指让别人帮助完成某事
.make sb do sth 让某人做某事
.make sb be+adj.
.make good use of/make full use of 充分利用
.make ends meet 使收支相抵
.make no sense 讲不通，没意义，不能被理解
.make sense of 理解
.make up打扮；编，创造
.make for 有助于，有利于
.make up of 由……组成
.be made of/from 由……组成
.be made in 在……生产
.make it 成功
.make sb. out理解，明白
.make money赚钱 make
v.（动词）
过去式:made [meid] 现在分词:making['meɪkɪŋ],第三人称单数makes [meiks]
(1)
To cause to exist or happen; bring about; create:
使存在，使发生：导致存在或发生；使发生；创造：
made problems for him; making a commotion.
为他制造问题；引发暴乱
(2)
To bring into existence by shaping, modifying, or putting together material; construct:
制成：用塑造、修改或把材料放在一块的方法导致存在；建造：
make a dress; made a wall of stones.
做衣服；砌石墙
(3)
To form by assembling individuals or constituents:
集成：把个体或成份组合而形成：
make a quorum.
达到法定人数
(4)
To change from one form or function to another:
使功能改变：把一种形式或功能转换成另外一种：
make clay into bricks.
把泥土制成砖块
(5)
To cause to be or become:
使成或变成：
made her position clear; a decision that made him happy.
使她的地位明朗化；此决定令他高兴
(6)
To cause to assume a specified function or role:
当做，当成：使具有一种特定的功能或成为某个角色：
made her treasurer; made Chicago his home.
视她为出纳员；把芝加哥当成他的家
(7)
To cause to act in a specified manner:
造成，导致：以特定的方式引起行动：
Heat makes gases expand.
热使得气体膨胀
(8)
To compel:
促使：
made him leave.
迫使他离开
(9)
To form in the mind:
在头脑中形成：
make an estimate.
做估算
()
To compose:
创作：
make verses.
创作诗歌
()
To prepare; fix:
准备；安排：
make breakfast.
准备早餐
()
To get ready or set in order for use:
准备使用：准备或料理好以便使用：
made the bed.
整理床铺
()
To gather and light the materials for (a fire).
生火：收集材料并点燃（生火）
()
To engage in:
从事：
make war.
开战
()
To carry out; perform:
执行；进行：
make a telephone call; make an incision.
打电话；切开
()
To achieve, produce, or attain:
实现，产生，达到：
made peace between the two factions; not making sense; didn't make the quota.
在两个派别之间实现和平；毫无意义；没有达到定额
()
To institute or establish; enact:
制订：制定或者建立；颁布：
make laws.
制定法律
()
To draw up and execute in a suitable form:
订立：以合适的形式拟定并实施：
make a will.
立遗嘱
()
To arrive at; reach:
到达；抵达：
made Washington in two hours.
在两小时内到达华盛顿
()
To reach in time:
及时赶上：
just made the plane.
刚好赶上飞机
()
To attain the rank or position of:
达到地位：达到某种职位或军衔：
She made lieutenant.
她的军衔为中尉
()
To acquire a place in or on:
组成，得到：获得一个位置：
made the basketball team; made the morning papers.
组成篮球队；收到早报了
()
To gain or earn, as by working:
赚到：通过工作赚得或获得：
make money.
赚钱
()
To behave so as to acquire:
使成为：为了获取而做某些行为：
make friends.
交朋友
()
To score or achieve, as in a sport:
得分：在体育比赛中得分或成功：
made a field goal.
射门得分
()
To assure the success of:
确保…的成功：
A favorable review from him can make a play.
他赞赏的评论能使这场戏成功
()
To favor the development of:
有利于…的发展：
Practice makes a winning team.
勤加训练必有助于球队获得胜利
()
To be suited for:
对…合适：
Oak makes strong furniture.
橡木合适做耐用家具
()
To develop into:
发展成为：
She will make a fine doctor.
她将会成为一个好医生
()
To draw a conclusion as to the significance or nature of:
下结论：作出对…的意义或本性的结论：
don't know what to make of the decision.
不知道怎样作决定
()
To calculate as being; estimate:
估计是；估算：
I make the height feet.
我估计有英尺高
()
To consider as being:
认为是：
wasn't the problem some people made it.
有些人不认为这是一个问题
()
To constitute:
构成：
Twenty members make a quorum.
二十个成员构成法定人数
()
To add up to:
等于：
Two and two make four.
二加二等于四
()
To amount to:
接近，相当于：
makes no difference.
没有什么区别
()
To constitute the essence or nature of:
架构：构成…的精华或本质：
Clothes make the man.
由穿着便可了解一个人
()
To cause to be especially enjoyable or rewarding:
使有意义：使成为特别有乐趣或值得的：
You made my day.
你使我的生活特别有意义
()
To appear to begin (an action):
准备：看上去开始（一个动作）：
She made to leave.
她准备离开
(1)
To act or behave in a specified manner:
做：明确地做或行为：
make merry; make free.
快乐地做；自由地做
(2)
To begin or appear to begin an action:
准备做：开始或看上去开始一个动作：
made as if to shake my hand.
好象要和我握手
(3)
To cause something to be as specified:
确认：使某事物变得明确：
make ready; make sure.
准备好；确认
(4)
To proceed in a certain direction:
按某一方向前进：
made for home; made after the thief.
回家；追赶小偷
(5)
Slang To pretend to be; imitate. Used withlike :
俚语 假扮；模仿。与like 连用：
made like a ballerina.
模仿芭蕾舞女演员
(6)
To undergo fabrication or manufacture:
生产：经编写或生产成为：
This wool makes up into a warm shawl.
这种羊毛织成了很暖和的围巾
(7)
To rise or accumulate:
上升或积聚：
The tide is making.
正在涨潮
n.（名词）
(1)
The act or process of making; manufacturing.
制造：制作或生产的动作或过程；生产
(2)
The style or manner in which a thing is made:
制作样式：生产某事物的风格或方式：
disliked the make of her coat.
不喜欢她衣服的样式
(3)
The amount produced, especially the output of a factory.
生产量：生产的数量，特别是一座工厂的产量
(4)
A specific line of manufactured goods, identified by the manufacturer's name or the registered trademark:
牌子：产品特定的种类，以生产商的名字或者注册的商标来识别：
a famous make of shirt.
名牌衬衫
(5)
The physical or moral nature of a person; character or disposition:
性格：一个人的身体或精神上的本质；性格或者性情：
found out what make of man he was.
得知他是一个什么样的人
(6)
Slang Identification of a person or thing, often from information in police records:
俚语 档案：一个人或事物的身份，经常从警方记录的信息中得出：
Did you get a make on the assailant?
你得知有关攻击者的资料了吗? make for
(1)
To have or cause to have a particular effect or result:
造成，促成：有或促使有某种特定的效果或者结果的：
small details that make for comfort.
令人舒适的小节
(2)
To help promote; further:
帮助提升；推进：
makes for better communication.
促进更好的交流
make off
To depart in haste; run away.
急忙离开；跑走
make out
(1)
To discern or see, especially with difficulty:
辨明：辨明或看清，特别是在有困难的情况下：
I could barely make out the traffic signs through the rain.
在雨中我几乎看不清交通标志
(2)
To understand:
理解：
could not make out what she was saying.
不能理解她在说些什么
(3)
To write out; draw up:
写下来；列出：
made out the invoices.
开具发票
(4)
To fill in (a form, for example).
填写（如表格）
(5)
Informal To imply or suggest:
非正式用语 暗示，建议：
You make me not to be a liar.
你暗示我不要说谎
(6)
Informal To try to establish or prove:
非正式用语 试图建立或者证明：
He made out that he was innocent.
他试图证明自己是无辜的
(7)
To get along in a given way; fare:
进展：在给定的道路上前进；进展：
made out well in business.
在生意上进展顺利
(8)
Slang
俚语
(9)
To neck; pet.
相互亲吻；抚爱
()
To have sexual intercourse.
发生性关系
make over
(1)
To redo; renovate.
改装；革新
(2)
To change or transfer the ownership of, usually by means of a legal document:
转让：改变或者转移所有权，通常是通过法律文件的方式：
made over the property to her son.
把财产转到她儿子名下
make up
(1)
To put together; construct or compose:
整理；建立或捏造：
make up a prescription.
开一个药方
(2)
To constitute; form:
构成；组成：
One hundred years make up a century.
一百年构成一个世纪
(3)
To alter one's appearance for a role on the stage, as with a costume and cosmetics.
化妆：为在舞台上的角色而改变某人的外表，例如用服装或化妆品
(4)
To apply cosmetics.
用化妆品化妆
(5)
To devise as a fiction or falsehood; invent:
捏造，编造：杜撰小说或谎话；捏造：
made up an excuse.
编造借口
(6)
To make good (a deficit or lack):
弥补：弥补（赤字或不足）：
made up the difference in the bill.
弥补了帐单上的差额
(7)
To compensate for:
补偿：
make up the lost time.
补足失去的时间
(8)
To resolve a quarrel:
和好：平息一场争吵：
kissed and made up.
亲吻和好
(9)
To make ingratiating or fawning overtures. Used withto :
献殷勤，巴结：提出献殷勤或讨好的建议。和to 连用：
made up to his friend's boss.
向他朋友的老板献殷勤
()
To take (an examination or a course) again or at a later time because of previous absence or failure.
补考，补课：因为以前缺席或不及格在一段时间后再考或再上课
()
To set in order:
整理，收拾：
make up a room.
把房间收拾好
()
Printing To select and arrange material for:
印刷术 排版，整版：
made up the front page.
为封面排版
make with 俚语
(1)
To bring into use:
使用：
a flirt making with the eyes.
用眼睛调情
(2)
To put forth; produce:
长出；制造：
always making with the jokes.
总是谈笑风生 make a clean breast of
To confess fully.
坦白交待
make a face
To distort the features of the face; grimace.
改变脸部的容貌；扮鬼脸
make a go of
To achieve success in:
在…获得成功：
have made a go of the business.
生意上获得了成功
make away with
(1)
To carry off; steal.
处理；偷
(2)
To use up or consume.
用光或消费
(3)
To kill or destroy.
杀死或破坏
make believe
To pretend.
假装
make bold
To venture:
冒险：
I will not make so bold as to criticize such a distinguished scholar.
我不会冒险去批评这么杰出的一位学者
make book游戏
To accept bets on a race, game, or contest.
在赛马、比赛或竞赛中接受赌注
make do
To manage to get along with the means available:
用手头拥有的钱去勉强应付：
had to make do on less income.
不得不用较少的收入来应付
make ends meet
To manage so that one's means are sufficient for one's needs.
收支平衡：设法使某人的财产和花费相抵
make eyes
To ogle.
向…送秋波
make fun of
To mock; ridicule.
嘲笑；嘲讽
make good
(1)
To carry out successfully:
成功地实施：
He made good his escape.
他成功地逃脱了
(2)
To fulfill:
实现：
She made good her promise.
她实现了诺言
(3)
To make compensation for; make up for:
补偿；弥补：
made good the loss.
弥补损失
(4)
To succeed:
成功：
made good as a writer.
成为一个成功的作家
make hay
To turn to one's advantage:
利用：使对某人有利：
The candidate's opponents made hay of the scandal.
候选人的竞争对手利用这次丑闻做了手脚
make it
(1)
Informal To be successful:
非正式用语 成功：
finally made it as an actor.
最后成了一名成功的演员
(2)
Slang To have sexual intercourse.
俚语 发生性关系
make light of
To treat as unimportant:
轻视；忽略：
He made light of his illness.
他忽视了自己的疾病
make love
(1)
To engage in amorous caressing.
做爱抚的动作
(2)
To engage in sexual intercourse.
发生性关系
make much of
To treat as of great importance.
重视对待
make no bones about
To be forthright and candid about; acknowledge freely:
对…坦白或直爽；公开承认：
They make no bones about their dislike for each other.
他们毫不隐瞒彼此间的厌恶
make off with
To snatch or steal:
夺走或偷走：
made off with the profits.
夺走了利润
make sail航海
(1)
To begin a voyage.
开始航行
(2)
To set sail.
张帆
make the grade
To measure up to a given standard.
达到给定的标准
make the most of
To use to the greatest advantage.
最大限度地利用
make the scene俚语
(1)
To put in an appearance:
出现：
made the scene at the party.
出现在聚会上
(2)
To participate in a specified activity:
参与具体的活动：
made the drug scene.
参与毒品活动
make time
(1)
To move or travel fast, as in an attempt to compensate for lost time.
弥补时间：运动或走得更快以便弥补失去的时间
(2)
Slang To make progress toward attracting:
俚语 更加有吸引力：
He tried to make time with the new neighbor.
他试图获取新邻居的好感
make tracks俚语
To move or leave in a hurry.
匆忙走开或离去
make up (one's) mind
To decide between alternatives; come to a definite decision or opinion.
作出选择；作出决定或提出意见
make waves俚语
To cause a disturbance or controversy.
引起混乱或争论
make way
(1)
To give room for passage; move aside.
让路；走到一边
(2)
To make progress.
取得进步
on the make俚语
(1)
Aggressively striving for financial or social improvement:
拼命追求经济上或社会地位上的提高：
a young executive on the make.
追求进步的年轻经理
(2)
Eagerly seeking a sexual partner.
急切地追求伴侣 (1)
Middle English maken
中古英语maken
(2)
from Old English macian * see mag-
源自 古英语 macian *参见 mag- mak“able
adj.（形容词） make
vi.
(1)
前进, 向...去(for)
They were making towards the river.
他们正向河边走去。②开始(do sth.); 行动得(象...); 似乎要
He made to go.
他要走了。
She made to reply and then stopped.
她似乎要回答又止住了。
(2)
(潮汐等)涨起; 增加, 增高
The tide is making now.
此刻正在涨潮。
(3)
被处理; 被制造
Toys are making in the shop.
这个车间正在制造玩具。
(4)
[后接形容词, 表示某种状态、方式]
make sure
查明
make ready
准备好
make merry
寻欢作乐
(5)
(纸牌中)洗牌; (一张牌)吃掉旁人的牌
n.
(1)
制造(法); 构造; 样式; (产生)来源
(2)
(矿井等某一时期的)产量
(3)
性情; 品质; 体格
(4)
电闭合
(5)
(纸牌中)(轮流)洗牌
a man of this make
这种性格的人
at make
在接通的位置上
Is this your ownmake?
这是你自己制造的吗? double make
双闭合
percent make
脉冲占空系数
quick make
快速闭合[接通]
short make
抄造量短缺
slow make
缓慢接通 make shape fashion construct manufacture
都含“做、“造、“做成或制造成某种东西的意思。
(1)
make 系常用词, 指“任何生产、形成或组成, 如:
This machine is made in China .
这台机器是中国制造的。
(2)
shape 指“由塑造、铸造、切割、敲打而形成, 如:
The child shaped clay into balls.
那小孩把泥捏成球。
(3)
fashion 指“用手、某些工具或原料做成具有一定形状的东西, 但通常暗示发明者的才华, 如:
They discovered that they could shear sheep, take the wool, weave it and fashion the material into warm coats and suits,.
他们发现他们能够剪羊毛、纺绒线、织成毛料, 然后把毛料做成暖和的衣服。
(4)
construct 指“按设计把许多部分组成一个整体, 如:
They constructed a big bridge.
他们建成了一座大桥。
(5)
manufacture 指“用机器生产或制造, 尤指“使用机器大规模生产与制造, 如:
We can manufacture high-precision machine tools.
我们能造精密机床。
Make、include-文件
C 源码的开头经常有一系列被包含的头文件，例如stdio.h。有一些是系统级的头文件，有一些是你正在写的项目的头文件：
#include <stdio.h>
#include foo.h
int main(....
要确定在你的 foo.h 被改变之后，这个文件也会被重新编译，就要在你的 Makefile 这样写：
foo: foo.c foo.h
当你的项目变得越来越大，你自己的头文件越来越多的时候，要追踪所有这些头文件和所有依赖它的文件会是一件痛苦的事情。如果你改变了其中一个头文件，却忘了重新编译所有依赖它的源文件，结果会是很失望的。gcc 有一个选项可以分析你的源文件然后产生一个头文件的列表和它的依赖关系： -MM。
如果你把下面的内容加到你的 Makefile 里面：
depend:
gcc -E -MM *.c > .depend
然后运行 make depend，就会产生一个 .depend，里面包含了目标文件，C 文件和头文件的列表：
foo.o: foo.c foo.h
如果你改变了 foo.h，下一次运行 make 的时候，所有依赖 foo.h 的文件就会被重新编译。
每一次你增加一个头文件的时候，别忘了运行一次 make depend。 现代英汉综合大辞典
make
[meik]
vt.
(made[meid])
(1)
做, 制造, 造成; 创造, 起草, 制定, 设置, 征收, 准备
make a coat
制做上衣
make cloth
织布
make enemies
树敌
make a self criticism
作自我批评
Don't make noise.
不要喧哗。
You make too much fuss about trifles.
你太小题大做了。
(2)
布置, 整理, 训练
make a fire
生火
make the bed
铺床
make tea
泡茶
Make hay while the sun shines.
[谚]趁晴晒草，勿失良机。
(3)
构成, 组成
Oxygen and hydrogen make water.
氧和氢组成水。
One tree does not make a wood.
独木不成林。
(4)
迫使; 促使
Can you make the horse go?
你能赶走这匹马吗?
His father wants to make him a doctor [to make a doctor of him].
他父亲想让他作一个医生。
He soon made himself understood.
他立刻把自已的意思讲明白了。
(5)
成为, 变成
If you work hard, you will make a good athlete.
如果你肯努力, 你将成为一个好运动员。
(6)
得; 赚, 挣
make a reputation
博得名声
The picture makes a good price.
这张画可卖个好价钱。
She made good marks at school.
她在学校的成绩很好。
(7)
实行, 进行
make social investigation
进行社会调查
make war
开战
(8)
等于; 相等
Twelve inches make one foot.
十二英寸等于一英尺。
(9)
猜想; 计算, 认为
What do you make the time?
你看(此时)几点钟了?
He is not an ass [a goose] as they make him.
他不象大家猜想的那样笨。
()
到达; 抵
We made the airport in an hour.
不到一小时我们就到了机场。
()
走; 行进; [俚]赶上
The train makes kilometres an hour.
这火车的时速为公里。
I don't think he will make the morning train.
我看他赶不上早班火车。
()
电(电流)接通
()
实行; 签订, 缔结
make a bow
鞠躬
make a contract
定契约
()
发表, 说, 提出
make a speech
[美]演说
()
发生; 使发生; 成为...的原因
()
吃
make a good dinner [meal]
美餐一顿
()
行动得象...
make a fool of oneself
丢丑; 使自已成为笑柄
()
成为; 成为...会员, 在...里得到一地位
He made the college basket-ball team.
他成为大学篮球队队员。
()
航海开始看见
We made a cruiser in the distance.
我们看见远处有一艘巡洋舰。⑵⑽(纸牌中)洗(牌); 打满(叫牌数); 出(牌)胜一圈; 胜(一圈) ⑵
()
[俚]使与之性交, 引诱。
拷贝数变异CNV的生物信息学分析（二）
Control-FREEC是一种用于检测拷贝数变异和等位基因不平衡的生物信息学工具，最初由巴黎居里研究所生物信息学实验室开发。它适用于全基因组测序、全外显子测序和目标区域捕获测序。分析全基因组数据时，无需对照样本；而进行全外显子组或靶向测序时，必须提供对照样本。Control-FREEC能够自动计算、归一化、片段拷贝数和等位基因频率（BAF），并根据这些信息呼叫拷贝数变异和等位基因丢失（LOH）。全基因组测序数据分析时，程序还可能利用GEM创建的映射性数据。CNA检测输入格式包括对齐的单端、成对或配对数据的SAM、BAM、SAMtools堆格式，且支持.gz压缩文件。CNA+LOH检测输入有两选项：提供SAMtools堆格式的对齐读取文件，文件可通过gzip压缩；或提供BAM文件与“makePileup”和“fastfile”选项，用于识别增益、损失和LOH区域、归一化拷贝数和BAF。
输出文件包括：扩增、缺失和LOH区域、归一化拷贝数和BAF文件。Control-FREEC提供了一系列使用指南，包括安装、测试数据、配置文件创建、输出文件阅读、R脚本计算预测显著性、输出可视化、格式转换以及生成GC含量概览等。软件包含三个子目录：data目录保存配置文件模板，包含WGS和WES模板；script目录包含常用脚本；src目录为软件源代码，其中freec可执行文件位于src目录下。
为了使用Control-FREEC，需要下载并安装miniconda，然后在新建的conda环境中进行安装。在新建的freec文件目录中，有三个主要目录：data目录用于配置文件模板，scripts目录包含常用脚本，src目录包含源代码和freec可执行文件。在使用Control-FREEC之前，需要先安装R、samtools、bedtools和sambamba等软件，或通过conda安装。mappability跟踪文件可用于增加映射信息。此外，如果数据覆盖度高且希望检测等位基因状态，则需要下载SNP文件并将其转换为pileup格式。
最后，下载示例数据集以进行测试。例如，可以从指定网址获取HCC和HCC-BL的数据，或获取用于测试LOH预测的未公开的肿瘤染色体数据。