1.vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
2.vasp.5.4.4.pl2+wannier90.2.1.0编译
3.Bader电荷分析详解
4.lammps和vasp的区别
5.VASP软件中文手册 | 第三章：安装、源码编译和维护 VASP软件
6.VASP 5.4.4编译与安装

vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程

       本文主要介绍了在CPU和GPU上安装VASP 6.3.0的源码详细步骤，包括使用spack管理和源码包的源码部署。首先，源码从百度网盘下载合适的源码源码包，建议将其放置在公共目录或用户的源码给布林通道上底色的源码家目录，然后通过tar命令解压。源码

       接下来，源码配置环境变量，源码确保Python3和必要的源码工具如git、patch已安装，源码同时添加基础编译器如gcc和gfortran。源码运行spack --version检查spack版本并配置编译器。源码在~/.spack目录下，源码创建config.yaml和modules.yaml文件，源码自定义软件安装位置、目录规范和加速编译设置，如禁用SSL验证和校验。

       在spack中添加本地源码包仓库，并配置bootstrap库以提高离线可用性。然后，查看spack收录的软件列表，根据机器类型（AMD和Intel）选择合适的依赖包，如MPI、数学库和FFTW等。对于AMD机器，推荐使用GNU库和mpich，而Intel机器则使用Intel SDK和nvhpc（仅GPU）。

       针对不同的Vasp版本（如5.4.4和6.3.0），需要编辑makefile.include文件进行特定配置，如修改编译选项和库路径。最后，对接对象储存源码创建环境变量脚本（如vasp.sh），以简化后续使用。对于GPU机器，还要注意声明qd库以避免运行时错误。

       此外，文章还提及了beef插件的编译和安装，以及phonopy和VASPkit的安装步骤，但需要注意的是，有些功能可能因版本兼容性问题而未进行详细测试。

vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0编译

       初学者对vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0的编译过程可能会感到有些复杂，但实际操作起来并不困难。下面是一个详细的指导过程，旨在帮助初学者顺利完成编译。

       准备阶段：

       1. 确保您已经下载并安装了vasp.5.4.4.pl2和wannier.2.1.0软件。同时，安装intel oneAPI编译器也是必要的。

       操作步骤：

       2. 打开终端，切换到vasp源码所在的目录。确保目录结构正确，vasp和wannier的源码都在各自的目录下。

       3. 下载肖承诚博士提供的接口文件VASP2WAN_v2_fix和mlwf.patch。下载链接如下：github.com/Chengcheng-X... 或者使用wwm.lanzouq.com/iOWNw...。将mlwf.patch文件拷贝到vasp.5.4.4.pl2的根目录。

       4. 更新并编译vasp源码。确保所有依赖包已经正确安装，然后运行“make”命令。这将编译并生成可执行文件。

       5. 执行编译好的vasp程序。在编译完成后，通过运行make all命令，可确保所有相关的盛源码头钓鱼程序和库都已成功构建。

       注意：此教程适用于vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0的编译。如需使用vasp.6.3.x + wannier-3.1.0版本，可参考相关文档或链接进行操作。

       在完成上述步骤后，您将成功编译并运行vasp程序。如有任何问题或错误提示，请及时调整和修正，确保编译过程顺利进行。

Bader电荷分析详解

       Bader电荷分析是第一性原理计算中的一个重要工具，首次由Richard Bade在McMaster University提出。通过分析计算结果，可以精确地获取原子周围的电子分布，从而估算原子的化合价。

       Henkelman课题组开发了一个高效程序，能够处理VASP的CHGCAR文件和Gaussian的CUBE文件，支持Linux和MAC OS X平台。用户可以下载该程序的编译好的可执行文件或源代码自行编译，获取详细信息请访问：theory.cm.utexas.edu/he...

       Bader电荷分析的基本流程包括：首先进行结构优化，接着基于优化结构进行静态计算，并保存为POSCAR格式，最后配置INCAR参数进行Bader电荷计算。

       Bader电荷有直接计算和精确计算两种方式。直接计算通过执行命令“bader chargefile”进行，输出文件包括ACF.dat、BCF.dat和AtomVolumes.dat。Bader原子体积可通过指定参数输出，并使用VMD、Jmol、VESTA或支持CUBE文件的程序如GaussView进行可视化。

       精确计算则涉及到VASP的CHGCAR文件处理，该文件仅包含价电荷密度。pyqt源码在哪下载Bader分析假设电荷密度最大值位于原子中心，但赝势影响了这一假设。VASP中的aeden模块可从PAW计算中输出核心电荷，需要将LAECHG=. true添加至INCAR文件中，生成AECCAR0、AECCAR1、AECCAR2文件。使用chgsum.pl脚本进行求和后，执行命令生成ACF.dat、AVF.dat、BCF.dat文件。正确总电荷的重现需要精细的fft网格，需要通过计算测试NG(X,Y,Z)F方案的可靠性，直至总电荷正确为止。

lammps和vasp的区别

LAMMPS是分子动力学模拟的软件，vasp是原子尺度材料模拟软件。

       LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。

       ç¼–程是编定程序的中文简称，就是让计算机代码解决某个问题，对某个计算体系规定一定的运算方式，使计算体系按照该计算方式运行，并最终得到相应结果的过程。

VASP软件中文手册 | 第三章：安装、编译和维护 VASP软件

       华算科技朱老师团队的Cilver老师和Ravi老师带来的《VASP官方入门手册》第三部分详述了如何安装、编译并维护VASP软件。作为备受信赖的DFT计算工具，每年有超过1万篇论文基于VASP发表，截至年，总数已超过万篇，其计算能力不仅验证实验结果，还能预测新发现。

       本教程将分为三个步骤进行讲解：

       1. **获取VASP软件**：由于软件非公共共享，需通过官方途径联系Doris Vogtenhuber获取许可。申请时需提供简短的研究描述，不超过半页。

       2. **安装过程**：安装需一定的UNIX知识，包括理解tar、gzip和make命令。建议在~/VASP/src目录下操作。mfc必学的源码首先，从官方网站下载源代码（vasp.X.tar.gz）和赝势数据库，然后解压到特定的子目录，如potUSPP_LDA、potUSPP_PW等。接下来，解压缩vasp.*.tar.gz文件，并根据makefile.machine选择合适的配置，注意检查Makefile中的提示进行配置，可能需要调整编译优化。

       3. **编译和维护**：VASP软件存储在vasp.4.lib和vasp.4.x目录中，后者更新频繁。例如，可以使用makeparam工具手动编译。更新软件时，先从服务器获取最新版本的vasp.4.X.X.tar.gz，解压缩后确保替换旧版本，但需注意解压后可能需要按特定步骤重新编译。

       完成安装和配置后，你可以开始进行计算，但务必遵循教程中的详细指导，以确保顺利运行和解决问题。这个教程旨在帮助您快速掌握VASP计算，成为高性能计算的高手！

VASP 5.4.4编译与安装

       本文提供如何在Linux Debian系统上安装和编译VASP 5.4.4的指南，同时介绍如何使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit替代付费的Intel Parallel Studio XE。以下为详细步骤：

       一、安装Intel的编译器与库

       首先，使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit安装所需的依赖库和编译器。推荐使用这两个工具以获取免费且易于更新的软件资源。注意，下载链接和哈希验证需确保文件完整与可执行。执行验证命令后，修改下载文件权限并按照指引完成安装。安装完成后，确认安装目录结构正确，并通过setvars.sh文件加载环境变量至.bashrc中，以实现每次终端启动时环境自动加载。

       二、编译环境配置

       安装完毕后，配置环境变量。首先运行setvars.sh文件以加载环境变量。若未出现此文件，可选择手动添加路径至.bashrc文件中。接下来，编译libfftw3xf_intel.a文件，确保编译路径正确且文件生成。

       三、编译VASP

       开始编译VASP前，确保系统中已安装rsync命令。解压VASP 5.4.4源码包后，根据个人路径修改makefile.include文件。根据官方教程配置MKLROOT路径，检查是否正确，若不正确，手动添加至.bashrc文件。在文件中进行特定的配置修改，如添加编译对象、编译参数、链接库等。编译完成后，VASP可执行文件将被生成。

       四、将VASP添加至系统路径

       将生成的可执行文件添加至系统路径，推荐将文件放入/usr/bin目录下。在该目录下创建vasp文件夹，并将可执行文件复制至其中。同时，将路径添加至.bashrc文件以确保每次终端启动时自动加载。通过特定命令检查MKL与VASP是否成功链接。

       五、测试VASP

       使用提供的测试文件（包括INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR）测试VASP，确保系统能够正确执行计算，并生成所需的输出文件。检查OUTCAR文件以验证计算结果。

       六、解决常见问题与注意事项

       在编译过程中，注意Intel编译器与库版本的兼容性，避免使用过时的工具。配置环境变量时，可能会遇到缺少setvars.sh文件的情况，可选择重新安装或手动添加路径。安装rsync命令避免潜在的配置问题。在makefile.include文件中，正确配置INC参数以解决可能的编译错误。

       总结，遵循以上步骤并注意细节，您将能够成功安装、编译并运行VASP 5.4.4。如有疑问，可通过在线搜索获取更多帮助。

常用的计算软件大集合

        VASP

       官方网址：vasp.at

       VASP全称Vienna Ab-initio Simulation Package，是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。广泛应用于材料模拟和物质科学研究，处理原子、分子、团簇、纳米线、薄膜、晶体、准晶、无定形材料、表面体系、以太体系和固体，能计算结构参数、构型、状态方程、力学性质、电子结构、光学、磁学和晶格动力学性质等。

        Gaussian

       官方网址：gaussian.com

       Gaussian软件是计算化学领域内最流行、应用范围最广的综合性量子化学计算程序包，适用于Windows、Mac OS X、Unix/Linux系统。通过基本命令验证和预测体系的几乎所有性质，具有极高的实用性。GaussView可视化软件的发布及计算机性能的提升大大降低了理论计算的门槛，使各领域研究者轻松研究和分析科学问题。

        LAMMPS

       官方网址：lammps.sandia.gov/

       LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，适用于单CPU和多CPU运行环境。它使用消息响应和模拟域的空间分解并行机制，具有功能易于扩充的特性，适用于软物质、固态材料、粗粒子和介观材料的模拟，以及不同热、力学、化学条件下的性质变化。

        CP2K

       官方网址：cp2k.org

       CP2K是一款著名的从头算分子动力学软件，基于密度泛函理论，使用混合的高斯平面波近似以及多粒子势，能计算更大的体系。适用于周期边界条件，具有多种交换关联泛函和色散校正功能，可以计算激发态，包含多种分子动力学方法。

        QUANTUMESPRESSO

       官方网址：quantum-espresso.org/

       QUANTUMESPRESSO软件包基于密度泛函理论，使用平面波基组和赝势。软件支持基态计算、能量最小化、各种展宽技术、模守恒赝势、PAW交换关联泛函、声子频率计算、电-声相互作用、从头分子动力学等，功能强大。

        Wien2k

       官方网址：wien2k.at/index.html

       WIEN2K软件包是用于计算周期性体系电子结构的最精确的程序之一，基于密度泛函理论和全势方法，提供高精度的电子结构计算。

        Abinit

       官方网址：abinit.org

       ABINIT是一个采用GNU开放源代码发布的软件，使用赝势和平面波，基于密度泛函理论计算总能量、电荷密度、电子结构，并支持几何优化和分子动力学模拟。软件包括大量的工具程序，适用于固体物理、材料科学、化学和材料工程研究。

        CASTEP

       官方网址：castep.org/

       CASTEP是一个基于密度泛函方法的从头算量子力学程序，计算总能量、力、张量，并支持NVE/NVT/Langevin分子动力学、过渡态搜索、弹性系数计算等。软件智能选择关键参数，提供广泛的计算功能。