1.Bader电荷分析详解
2.插件介绍点云处理插件COCKROACH
Bader电荷分析详解
Bader电荷分析是第一性原理计算中的一个重要工具,首次由Richard Bade在McMaster University提出。通过分析计算结果,可以精确地获取原子周围的电子分布,从而估算原子的化合价。
Henkelman课题组开发了一个高效程序,sitemapphp源码能够处理VASP的CHGCAR文件和Gaussian的CUBE文件,支持Linux和MAC OS X平台。用户可以下载该程序的编译好的可执行文件或源代码自行编译,获取详细信息请访问:theory.cm.utexas.edu/he...
Bader电荷分析的基本流程包括:首先进行结构优化,接着基于优化结构进行静态计算,并保存为POSCAR格式,最后配置INCAR参数进行Bader电荷计算。
Bader电荷有直接计算和精确计算两种方式。直接计算通过执行命令“bader chargefile”进行,永久VIP源码论坛输出文件包括ACF.dat、BCF.dat和AtomVolumes.dat。Bader原子体积可通过指定参数输出,并使用VMD、Jmol、VESTA或支持CUBE文件的程序如GaussView进行可视化。
精确计算则涉及到VASP的phpqq音乐解析源码CHGCAR文件处理,该文件仅包含价电荷密度。Bader分析假设电荷密度最大值位于原子中心,但赝势影响了这一假设。VASP中的aeden模块可从PAW计算中输出核心电荷,需要将LAECHG=. true添加至INCAR文件中,生成AECCAR0、AECCAR1、返利商城源码下载AECCAR2文件。使用chgsum.pl脚本进行求和后,执行命令生成ACF.dat、AVF.dat、BCF.dat文件。正确总电荷的重现需要精细的fft网格,需要通过计算测试NG(X,微交易源码视频Y,Z)F方案的可靠性,直至总电荷正确为止。
插件介绍点云处理插件COCKROACH
COCKROACH插件是一款开源的点云处理工具,由Petras Vestartas和Andrea Settimi共同开发。
此插件依托于Open3D、CGAL和Cilantro库,代码可在Github上找到:github.com/9and3/Cockro...
开源的初衷是为了打造一个面向.NET的开放源代码点云处理工具,开发者期望有更多人为其贡献,增添更多功能。
以下通过开发者提供的案例,详细解析COCKROACH插件的功能。
包括:拾取点云、输出点云信息;按点数降低点云采样;按Voxel大小采样,Voxel越大,点云数越小;以box裁剪点云,支持反向裁剪;以多段线裁剪点云;以平面去切点云;根据颜色和点大小显示点云;显示点云的法向量;用点云创建网格;网格修复;网格的中心骨架;把网格转成点云;布尔网格等。
插件下载方面,COCKROACH插件提供了多种方式。
1. 可通过Food4Rhino下载COCKROACH插件,搜索插件名称,找到对应版本即可下载。下载链接:food4rhino.com/en/app/c...
注意:下载Grasshopper版本时,请选择倒数第二个版本,以免下载错误。
2. 第二种方法仅支持Rhino版本安装,不支持Grasshopper版本。使用程序集管理包(PackageManager)进行下载,在犀牛7中执行_PackageManager指令,搜索COCKROACH插件直接安装。
3. 如果熟悉代码,还可以从github下载COCKROACH插件的源代码。github.com/9and3/Cockro...
Grasshopper版本安装完成后,即可使用。
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