1.edgeR 差异分析实践
2.《R语言实战》学习笔记---Chapter1.4 R包的码包安装、载入和使用

edgeR 差异分析实践

       作者：心如止水

       edgeR，码包作为用于具有生物重复的码包RNA-seq表达谱差异表达分析的软件，通过基于负二项分布的码包一系列统计检验方法，如经验贝叶斯估计、码包精确检验、码包php彩票源码程序广义线性模型和准似然检验，码包进行差异分析。码包它的码包应用不仅局限于RNA-seq数据，还适用于其他类型基因组数据的码包差分信号分析，如ChIP-seq、码包ATAC-seq、码包Bisulfite-seq、码包SAGE和CAGE。码包

       edgeR在进行差异分析时，码包同样采用负二项分布进行统计检验，且需要在检验前进行标准化操作，zookeeper源码原理以消除文库大小和组成导致的组别差异。详细原理请参考原始文献。

       edgeR可通过Bioconductor安装，可能会遇到问题，可参考相关教程进行解决，或直接使用conda解决安装问题。安装后在R交互界面运行library("edgeR")以测试安装是否成功。

       edgeR差异分析实战步骤包括数据下载、电影源码计划标准化、统计检验和结果解析。可以使用R代码进行差异分析，并通过ggplot绘制火山图。sixoclock官网提供基于CWL封装的edgeR软件，通过sixbox软件可以快速运行。sixbox运行示例包括提供分组文件和样本表达矩阵文件，运行后得到差异分析原始结果、cocoscreator 源码分析过滤结果和火山图。

       具体运行方式包括下载CWL源码或使用edger.job.yaml示例内容进行运行。运行结果包括标准化因子大小、DEseq2输出结果、过滤后结果和差异基因火山图。

       参考文献

《R语言实战》学习笔记---Chapter1.4 R包的安装、载入和使用

       包在R语言中是用于组织和管理代码的集合。它们提供了实现特定任务的androidstudio设置源码函数和数据集。包的安装是使用install.packages()函数完成的，其中无参数调用将显示CRAN镜像站点列表，而指定包名作为参数则可下载并安装特定的包，如"pkgname"，只需安装一次。已安装的包可通过update.packages()更新，而installed.packages()用于查看已安装的包信息。使用library(pkgname)或require(pkgname)语句来加载已安装的包。

       对于需要进行生物信息学分析的用户，Bioconductor仓库提供了大量相关包，可通过搜索在该网站上直接获取。要访问这个仓库，首先需要安装BiocManager包，通过install.packages("BiocManager")实现。然后，可以使用BiocManager::install("org.Hs.eg.db")命令安装特定的包，用于生物信息学中的ID转换等任务。查看包的帮助文档通常使用BiocManager库中的命令，例如vignette("DESeq2")。

       对于在GitHub站点上发布的包，R提供了一个名为devtools的包，可通过install.packages("devtools")进行安装。安装过程中可能需要解决依赖问题，这可能包括安装Rtools，用于编译某些源码包。完成devtools的安装后，就可以使用它来安装GitHub上的包，例如velocyto.R，用于RNA速率分析。实现包的下载和安装涉及多个步骤，可能需要多次尝试才能成功。