1.å¦ä½å¨MacBookä¸å®è£
gromacs
2.LAMMPS简介
3.GROMACSGROMACS安装流程
4.ParaView 源码编译教程
5.5 流水线模式
6.SS528V100 22AP30Hi3531DV200开发注意事项
å¦ä½å¨MacBookä¸å®è£ gromacs
MacBookä¸gromacså®è£ æµç¨ï¼
(1) 解å缩fftwï¼lam-mpiï¼gromacsæºç
tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
tar âzxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz
(2) ç¼è¯lam-mpi
cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"
make
make install
注ï¼--without-fcæ¯ä¸ç¼è¯mpifï¼å¯ä»¥å»æ
(3) æ·»å mpiç¯å¢åé
export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)
(4) ç¼è¯fftwåå精度ç
cd fftw-3.1.2
./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
make
make install
make distclean
./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
(3) 设置fftwç¯å¢åé
export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include
export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib
(4) ç¼è¯gromacs
cd gromacs-3.3.1
./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi
make
make install
make distclean
./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float
(5) 设置gromacsç¯å¢åé
export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)
(6) ç¼è¯gromacsæºå éçå ¶å®æ件ï¼å¯éï¼
make contrib
LAMMPS简介
LAMMPS,即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,被广泛应用于分子动力学相关计算与模拟。其功能涵盖从气态、液态到固态,以及不同系统组态下的虎啸龙吟源码百万级原子分子体系。LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发,并以GPL许可发布,这意味着用户可以自由获取并根据需要修改源代码。该软件具备良好的并行扩展性,支持分布式内存MPI,并通过空间分解模拟领域实现并行计算。LAMMPS以C++编写,兼容MPI和单处理器FFT等可选库,便于用户扩展新特性和功能。
LAMMPS运行基于输入脚本,提供定义和使用变量、公式以及循环控制的语法,允许用户从一个脚本中同时运行一个或多个模拟(并行)。其支持广泛的应用场景,包括但不限于材料科学、化学、生物学等领域的研究,为用户提供了一种高效、vue缓存组件源码灵活的计算模拟工具。
作为一个开源软件,LAMMPS不仅提供了强大的计算能力,还具有高度的可扩展性和灵活性,使得科研人员能够根据具体需求进行定制化开发。在多个科学领域中,LAMMPS成为分子动力学模拟的首选工具之一,为科学家提供了深入理解复杂系统行为的有力工具。
GROMACSGROMACS安装流程
本文详细介绍了GROMACS的安装流程,包括解压缩源码包、编译特定组件以及设置环境变量等步骤。以下是安装GROMACS的详细步骤: 1. 解压缩fftw,lam-mpi和gromacs源码包: 解压缩fftw源码包:使用命令`tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz`执行解压操作。 解压缩gromacs源码包:使用命令`tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz`进行解压。 解压缩lam-mpi源码包:使用命令`tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz`完成解压。 2. 编译lam-mpi: 切换到lam-7.1.3目录:使用`cd lam-7.1.3`进行切换。 配置编译选项:执行`./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"`,注意可以省去`--without-fc`以编译mpif。 编译和安装:运行`make`进行编译,随后使用`make install`进行安装。 3. 设置MPI环境变量: 添加路径变量:在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。 4. 编译fftw的单双精度版本: 切换到fftw-3.1.2目录:使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。 配置编译选项:执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。黑马股指标源码 编译并安装:运行`make`进行编译,之后使用`make install`进行安装,最后执行`make distclean`清理编译残留。 编译fftw的单精度版本:执行`./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。 5. 设置fftw环境变量: 设置编译器参数:执行`export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include`和`export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib`。 6. 编译gromacs: 切换到gromacs-3.3.1目录:使用`cd gromacs-3.3.1`进行切换。 配置编译选项:执行`./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi`进行配置。 编译并安装:运行`make`进行编译,之后使用`make install`进行安装,最后执行`make distclean`清理编译残留。 7. 设置gromacs环境变量: 添加路径变量:在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin`。 8. 附加步骤:编译gromacs源包中的其他文件(可选):执行`make contrib`进行编译。 更新:对于gromacs-4.0、fftw-3.2.1和lam7.1.4,安装流程与上述方法完全相同,只需更换相应的目录即可。扩展资料
GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.[1]ParaView 源码编译教程
ParaView-5..0的源码在年月日,由作者陌尘分享了一个Windows H2平台下的编译教程,使用了Visual Studio 、CMake 3..1 x版本,以及Qt 5..、Python 3..8和Microsoft MPI v.1.2作为依赖。请注意,如何运行vue源码编译过程和环境设置可能需要根据个人的设备和需求进行调整,参考链接为Building ParaView。
步骤1:首先,确保从ParaView官网下载最新源码,GitHub上的版本可能缺少VTK模块,因此直接从官方获取是必要的。
步骤2:接着,进行CMake配置,这是编译过程的关键步骤,通过CMake工具将源代码与编译器和依赖项连接起来,生成可编译的项目文件。
步骤3:配置完毕后,使用Visual Studio 打开生成的项目文件,开始VS编译过程。确保所有依赖项已经正确安装并配置,然后启动编译,生成ParaView的可执行文件。
5 流水线模式
流水线模式旨在通过并行操作多个硬件资源来提高计算性能,类似于指令流水线。这种模式在处理器的多个流水线单元上并行执行无依赖的指令,从而实现高性能。超标量和VLIW处理器通常配备多个执行单元,这些单元可以执行并行或流水线指令。微软ide源码分析
指令流水线优化需要深入了解处理器延迟、吞吐量和编译器能力,因此操作较为复杂。通常,C语言不适用于此类优化,而汇编语言则能提供精确控制。指令流水线优化常应用于对性能要求高的场景,如矩阵乘法。
优化方法之一是修改源代码,以便编译器生成所需指令序列,然后基于生成的汇编代码进行调整。重点是去除指令间的依赖,例如,优化循环展开代码,使循环内语句并行执行。通过修改代码,如代码清单1-1到1-2所示,可以显著提升性能。
在使用汇编语言进行指令级并行优化时,建议先尝试内置函数生成所需代码,若不成功,则基于现有代码进行修改以实现目标。
流水线模式不仅针对指令流水线,还抽象和提升了并行操作的层次,适用于多种计算场景。在集群计算中,流水线模式结合异步通信能有效隐藏通信延迟。在单个节点上,通过异步IO可以同时进行计算和I/O操作,从而掩盖延迟。在单个核心中,合理安排访问顺序和依赖,以充分利用多通道内存带宽。
对于串行代码,如代码清单1-3所示的示例,通过异步IO实现流水线模式,可以同时执行多个操作,如加载数据和计算。关键在于识别并消除操作间的伪依赖,如代码清单1-4所示。C++线程也支持类似异步操作,通过并发执行computeSqureSum函数,实现性能提升。在CUDA中,内核执行的异步特性允许设计不依赖异步IO的流水线模式。
对于MPI实现,通过异步通信隐藏通信延迟,但可能面临负载不平衡问题。流水线模式常见问题包括难以流水、访存与计算时间差异过大以及资源竞争。复杂流水线构建虽挑战大,但并非不可克服。通过CUDA流,可以实现CPU、GPU和PCIe同时运算,利用流水线模式加速计算,如代码清单1-9至1-所示。
SSV APHiDV开发注意事项
一、在反复开关视频采集编码程序一定次数后,mpp会全局初始化失败,只能重启开发板才能恢复。初步排查有可能是VB设置cfg失败,尝试在启动编码程序时,调用hi_mpi_sys_exit()和mpi_vb_exit(),再调用想要的init(),但是出问题的时候,仍旧是恢复不了;
解答思路:这种大概率是程序获取了vb没释放导致的,处理方式有两种:1.排查程序资源释放,在调用hi_mpi_sys_exit()和mpi_vb_exit()确保所有vb正确释放;2.开启强制销毁vb,这么做有一定的风险,建议优先按方式1处理;
二、SSV 光电冗余备份,光口不自识别千兆
**问题描述**使用RTLF网卡芯片,作为光电冗余备份,光口仅能识别到Mbps,需要使用ethtool工具设置后方可识别到1Gbps,电口正常;请问如何设置能使光口主动识别到千兆?所处环境:室内,SFP-GE-LX-SM千兆单模光模块,RTLF网卡芯片
解答思路:用ethtol工具强制千兆;
三、ss 系统启动后,第一次执行sample_audio 录音失败
问题描述:1、系统启动(上电启动或reboot重启)后,第一次执行sample_audio录音失败。2、之后再次执行就正常了。所处环境:ubuntu . lts server
解答思路:主从模式改一下。
四、ssv uboot 不需要压缩,怎么去除
问题描述:ssv uboot 启动慢,该怎么去除压缩?所处环境:ubuntu . lts server
解决思路:要去除SSV U-Boot的压缩,你可以按照以下步骤进行操作:1、在Ubuntu . LTS Server上安装所需的工具链。你可以使用以下命令安装:sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential;2、下载SSV U-Boot源代码。你可以从相关网站或官方渠道获取源代码,并将其解压到一个目录中;3、进入U-Boot源代码目录,并打开include/configs/your_board.h文件(其中your_board.h是你的开发板配置文件)。找到并注释掉以下两行代码(如果存在):#define CONFIG_SYS_BOOTM_LEN ( << ) #define CONFIG_SYS_MALLOC_LEN ( * * );4、打开include/config_defaults.h文件,并找到以下行:#define CONFIG_SYS_TEXT_BASE 0x。将该行修改为:#define CONFIG_SYS_TEXT_BASE 0x;5、进入U-Boot源代码目录,并执行以下命令编译U-Boot:make your_board_defconfig make;6、编译完成后,在输出目录中找到生成的u-boot.bin文件。7、将生成的u-boot.bin文件刷写至你的SSV开发板中。这样,你就成功去除了SSV U-Boot的压缩,从而提高了启动速度。请确保在进行任何修改之前备份好相关文件,以防止意外情况发生。
解决思路2:使用预编译的uboot镜像;更新最新版SDK,E
五、SS(HiD)编解码,图形层和视频层都绑定在同一设备层上的话,可以叠加显示吗?
问题描述:实际场景需求:图形层做的是交互,视频层做的是拉流显示,要叠加显示
解决思路:一般是用colorkey的方式让图形层透明让视频层显示出来。设置的是hifb的参数,只要把lvgl的背景色设置为colorkey的值就可以透明了
六、用ffmpeg拉多个视频流的话,是不是一个流开一个vdec通道?解决思路:当使用FFmpeg来提取多个视频流时,通常会为每个视频流打开一个独立的视频解码器(vdec)通道。每个视频流都会被视为一个独立的输入,并通过相应的解码器进行解码。先从flv取出h拿去解码,再使用,不能直接使用。